话说在纽约市的下水道之中住着四只功夫高强的忍者龟，它们跟随着忍者师父—一只来自日本的超级大老鼠。一次偶然机会，它们救了一名正义的电视女记者，她也成为了唯一知道忍者龟藏身处的人。在多次行侠仗义后，他们与城市里的一个神秘组织结怨。这个组织招募了很多无知的青少年，教他们功夫，同时也指示他们做坏事。
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倒序↓顺序↑
- 96 异次元空间之旅
- 95 米开朗基罗的价值
- 94 富家小姐
- 93 虫人
- 92 善恶颠倒
- 91 神秘人鱼
- 90 再见,莲花姑娘
- 89 时间停止器
- 88 异次元空间的大胃王
- 87 有趣,被缩小的米开朗基罗
- 86 雌雄鼠人
- 85 另一个达芬奇
- 84 邪恶乌龟
- 82 忧虑射线
- 81 笑星拉斐尔
- 80 苍蝇归来
- 79 变回龟蛋
- 78 英雄的一天
- 77 戏院幽灵
- 76 奇妙的音乐
- 75 乌龟星球
- 74 纽约的朗多
- 73 神龟痴迷者
- 72 四只乌龟和一个婴儿
- 71 史莱德的妈妈
- 70 勇者对决
- 69 玩具大战
- 68 丛林历险
- 67 乌龟与兔子
- 66 劫持电视台
- 65 技术大厦重返地球
- 64 第六频道的猫女
- 63 异次元空间的孩子们
- 62 机器人警察
- 61 斯普林特变形记
- 60 青蛙入侵
- 59 蝇人的进攻
- 58 致命馅饼
- 57 萨诺斯之眼
- 56 恐怖的机器
- 55 我来自地下管道的下面
- 54 神龟变小啦
- 53 史莱德归来
- 52 大获全胜
- 51 破土而出
- 50 盗窃大案
- 49 再见了,苍蝇！
- 48 史莱德之城
- 47 怪蛋先生进城
- 46 外星小宠物
- 45 米开朗基罗归队
- 44 丢失的地图
- 43 魔术骗局
- 42 神龟终结者
- 41 鼠王大战大鳄鱼
- 40 铁皮人
- 39 上当的兔子
- 38 抢手的和服
- 37 兔子武士
- 36 米开朗基罗的生日
- 35 沼泽里的大鳄鱼
- 34 唤醒
- 33 莲花行动
- 32 超级变异人
- 31 怪味陷饼
- 30 异次元空间的强行收购
- 29 变异的怪兽
- 28 绿林英雄?凯西·琼斯
- 27 巴克斯特归来
- 26 神龟中毒
- 25 神奇的摄像机
- 24 外星朋友
- 23 克隆米开朗基罗
- 22 乌龟无处不在
- 21 四个火枪手
- 20 冰河时代
- 19 洪水猛兽
- 18 神奇的武士刀
- 17 迈克的袭击
- 16 公主调包计
- 15 史前之旅
- 14 鼠王现身
- 13 第五只神龟
- 12 伯纳奇遇记
- 11 骤变
- 10 神兵天降
- 09 超级燃料配方
- 08 巨人伊尔玛
- 07 审判乌龟
- 06 地下之战
- 05 史莱德与斯普林特
- 04 天外来客
- 03 捕鼠器风波
- 02 初遇敌手
- 01 神龟起源
